これはとある兄弟と妹と突然訪れたペンギン、そしてこの世界の過去と未来についての物語―― 病に倒れた妹・陽毬の命を救うため、高倉家の双子兄弟・冠葉と晶馬は謎のペンギンハットの命令に従い「ペンギングラス」を探す。これが自分の運命だと信じ、日記に書かれたことを実現しようとする荻野目林檎。新たな未来を切り開くため、林檎の日記を手に入れたい夏芽真砂子。大切な運命の人を取り戻すため、目的を達成しようとする多蕗桂樹と渡瀬真悧。 彼らはそれぞれの運命と大切な人のために「ペンギングラス」を追い求める。 あの10年後―― 冠葉と晶馬はかつて運命を変えた列車に乗り、運命の終着駅から帰ってきた… 謎の赤ちゃんペンギンに導かれ、冠葉と晶馬は巨大な本棚が並ぶ不思議な図書館にたどり着く。 「ようこそ、運命の子供たちよ！」 突然、本棚が散らばり、ペンギンハットを被った少女が二人の前に現れる。 「これはあなたたちの物語です」 自称・図書館司書の荻野目桃果から一冊の本を手渡され、二人に「大切な使命」が与えられる。 「必ず誰かが何かを為す前に、あなたたちに伝えねばならない。自分が為すべきことを見つけ、そして世界を救いなさい！」 果たして冠葉と晶馬は何を発見するのか…！？