近未来、巨大な敵性生命体「フィアレム」が地球に侵攻を開始した。この異星の脅威から世界を守るため、日本は特殊部隊「ラグナストライカーズ」を投入する。それは、高度な兵器と巨大化能力を駆使する6人の少女たち。『ラグナストライクエンジェルズ』は、姉森あやのと仲間たちが、日常を送りながらも凶暴なフィアレムと戦う姿を描く。