母親が当選した島への無料旅行に同行し、ポケモントレーナーのサトシと相棒のピカチュウは、美しいアローラ地方のメレメレ島へと向かう。そこには多くの新しいポケモンや、見慣れた顔ぶれの姿違いも生息していた。島の探索に夢中になったサトシとピカチュウは興奮のあまり走り回り、ポケモンを追いかけるうちにすぐに道に迷ってしまう。そして二人は、生徒たちがポケモンについて学ぶ機関「ポケモンスクール」に偶然出くわす。 スクールでは、生徒の一人でしっかり者のカキと共に悪質なスカル団と遭遇したサトシは、トレーナーとポケモンの絆が必要な、アローラ地方発祥の強力な攻撃「Zワザ」の圧倒的な威力を目の当たりにする。その夜、彼とピカチュウはメレメレ島の守り神ポケモン、神秘的なカプ・コケコと出会う。伝説のポケモンは彼らにZワザを使うために必要な道具「Zリング」を授ける。先の戦いに感銘を受け、Zリングを手にしたサトシとピカチュウは、この新たな強力な技を学び極めるため、アローラ地方に留まることを決意する。 ポケモンスクールに入学したサトシは、ポケモンは好きだが触ることができないリリーやカキなど、多くのクラスメイトと共に学ぶことになる。授業に参加し、組織の将来計画のためにアローラに乗り込んできた煩わしいロケット団を撃退し、Zワザを極めるために必要な「島めぐり」に挑む――サトシとピカチュウは、刺激的な新たな冒険に身を投じることになる。