オコヤの森の奥深く、幻のポケモン・ザルードたちは群れで暮らし、外部の者の侵入を固く禁じる掟を守っていた。ジャングルの別の場所では、群れを離れた一匹のザルードに育てられた人間の少年・ココが暮らしている。ココは自分がザルードであることに疑いを持たずに育ってきた。しかしある日、サトシとピカチュウとの偶然の出会いが、ココに初めての人間の友達をもたらす。彼は本当にポケモンなのか？それとも実は人間なのか？ジャングルに危機が迫るとき、ポケモンと人間の絆、そして親子の愛が試される。