研究者たちが幻のポケモン・ミュウの化石を発見し、それを利用したとき、彼らは自然の法則に反する創造物を解き放ってしまった。破壊の道具として生み出された伝説のポケモン・ミュウツーである。しかし、自身の疑わしい出自に気づいたミュウツーは、人間の創造者たちを憎み、復讐を企てる。サトシとピカチュウ、そしてその仲間たちは、その暴走の中心に巻き込まれてしまう！ポケモン世界の未来がかかった戦いで、ヒーローたちはミュウツーの挑戦を乗り越えられるのか？そしてミュウツーは、自らの生きる新たな意味を見出せるのか？