太陽が新たな活動周期に入るたび、伝説のポケモン・オーロラポケモンと呼ばれるスイクンが現れるという伝説がある！桜木研究所の調査員として、サトシとゴウはオーロラ村へ向かい、スイクンとオーロラの関係を探る。そこで彼らは、父親がオーロラ研究者である少女エマと、雪原に生きる多くのポケモンたちと出会う。しかし、ピカチュウを奪おうとするロケット団が突然サトシたちの前に現れる！果たしてヒーローたちはオーロラの地へたどり着き、スイクンと出会えるのか！？