新たな転校生・忍野扇が、私立直江津高校にやって来た。友人・神原駿河の紹介で先輩の阿良々木暦と出会った扇は、奇妙な発見について相談を持ちかける。学校の配置図を確認した扇は、本来あるはずのない場所に教室が存在していることに気付く。 これは怪異の仕業なのか――。暦と扇は謎の解明に乗り出すが、やがて二人はその教室に閉じ込められてしまう。そして暦は、自分が長い間忘れていた出来事の記憶が、この部屋に封じられていたことを知るのだった。