西暦2079年、謎の機械細胞群が突如として世界規模の人類討伐作戦を開始した。 2年に及ぶ長期抗戦の末、劣勢に立たされた人類は最終破壊兵器を投入。敵を殲滅するため、自国の広大な国土を犠牲にすることすら厭わなかった。その結果、主要大陸は数塊に分裂し、南極大陸も消滅。地球上の50％以上の陸地が海に沈んだ。 それから3年後……。 完全に滅びたと思われていた敵が、再び姿を現したという情報がもたらされる。 その真偽を確かめるため、秘密航空巡洋艦「攻龍」が極秘裏に日本を出港する。「攻龍」は日本の最先端技術を結集して建造された戦闘機であり、機体には音速加速器が搭載され、「零神」「風神」「雷神」の3機が配備されていた。 音速加速器を操るのは、三人の若き少女――桜野音羽、園宮可怜、一条瑛花。彼女たちこそが、SKY GIRLSと呼ばれるパイロットである。 人類の未来と希望――すべては彼女たちの双肩にかかっていた。 大空へ羽ばたく時が、今、訪れる。