頂上戦争から2年後、モンキー・D・ルフィはサボディ諸島で麦わらの一味との再会を目指す。しかし海軍は圧倒的な戦力でルフィの行く手を阻む。一方、麦わらの一味たちも自分たちに成りすました偽者一味の企みを阻止しなければならない。 新旧の仲間たちとの2年間の猛特訓を経て、ルフィは仲間たちとサウザンドサニー号で再集結し、新世界へ船出する。魚人島を目指して出航した麦わらの一味を、深淵から新たな脅威が忍び寄る。だが海賊王になるという夢に向かい、いかなる敵にも立ち向かう覚悟で、ルフィの戦いが今、始まる。