麦わらの一味は、海賊王ゴール・D・ロジャーが遺した秘宝“ワンピース”を求めて、新世界の荒波に乗り出す。航海の途中、一味は恐るべき力を持つ男、元海軍大将“Z”と遭遇する。 Zは、新世界を揺るがす力を持つと言われる兵器“ダイナストーン”を盗んだ嫌疑をかけられていた。海軍本部は、Zがこの兵器を使い、海賊時代を終わらせようとしていると確信する。それは同時に、多くの無辜の民の命をも奪いかねない。この未曾有の事態に、海軍は元大将への行動を開始した。 たとえ海軍と衝突することになろうとも、麦わらの一味はZを追い、その暴走を食い止めることを決意する。冒険を続ける中で、一味は新たな、そして懐かしい顔ぶれとも再会していく。