東の海の島々が次々と破壊されているとの報を受け、モンキー・D・ルフィ一味は調査に向かう。しかしその途中、空から突如現れたのは、飄浮の実の能力者でインペルダウン史上初の脱獄囚、伝説の海賊・金獅子のシキが率いる奇天烈な海賊船だった。世界政府を倒す野望を抱くシキは、自らの航海士としてナミを拉致し、残る麦わらの一味を人質として浮遊島群へと散り散りに飛ばす。絶対的支配者の土地で引き裂かれたルフィたちは、不可解な地形を生き延び、仲間であり航海士を取り戻すため、戦いを挑む。