世界は、1973年に地球に侵攻した異星種「BETA」との絶望的な30年戦争に飲み込まれていた。そんな中、高校生・白銀武は、人類が完全に敗北する悪夢から突然目を覚ます。やがて彼は、その夢が別の世界での自身の人生の記憶であることを悟る。その記憶では、人類存続の最終手段として「オルタネイティブV」計画が実行され、数十万人が宇宙へ脱出する一方、残された数十億の人々が地上で残酷な運命を辿っていた。 この暗澹たる未来を変えたいと願う武は、かつて自身の通っていた高校である横浜基地に入隊する。そこで彼は、基地副司令であり「オルタネイティブIV」計画の責任者である教授・香月夕呼を説得し、オルタネイティブVの実行を阻止することを承諾させる。オルタネイティブIVを成功させるため、武は訓練生たちと共に巨大な人型機動兵器「戦術機（TSF）」の操縦に臨まねばならない。しかし、彼に与えられた訓練期間はわずか二ヶ月。未来の一部を断片的に知る武は、迫り来る悲劇を防ぐため、時間との戦いを強いられる。