宇宙世紀0096年、シャア・アズナブルが人類の宇宙移住を強制しようとした計画が失敗してから3年後、地球軌道上のコロニー群での生活は相変わらず続いていた。SIDE 4にある工業コロニー「インダストリアル7」では、16歳の少年バナージ・リンクスが級友たちと平穏な日々を過ごしていた。 かつての専制王朝の末裔であるオードリー・バーンは、宇宙の命運を左右する謎の装置「ラプラスの箱」の鍵を奪うため、単独で行動していた。彼女は、鍵がシャアの残党組織「袖付き」の手に渡るのを防ぐため、SIDE 4に潜入し現所有者から鍵を奪おうとする。その過程で彼女は偶然バナージと出会い、この少年の運命を永遠に変えてしまう。 SIDE 4が袖付きと、その精鋭パイロットであるマリーダ・クルス、フル・フロンタルの襲撃を受けた時、バナージは新造モビルスーツ、ガンダムユニコーンに乗り込み、仲間と人類の未来を守るために戦いに出る。 [原作: MAL Rewrite]