可愛い服を着た可愛い女の子たちに囲まれること、それが一宮エルナの全ての願いだ。ミカグラ学園は最も可愛い制服で有名なため、彼女は文化系クラブで名高いこの名門高校への入学を決意する。 しかし、クラブへの加入が義務付けられていること、そして各クラブの代表が順位をかけて戦わなければならないことは知らなかった。この順位に基づき、クラブメンバーには寮や食事が支給される。学園一の美少女、御神楽星鎖を追いかけて、エルナは帰宅部に入部するが、すぐに次のクラブ対決に巻き込まれてしまう。他のクラブ代表たちが繰り出す独特の能力を前に、戦いは激化すること必至だ！ 人気楽曲シリーズを原作とする『ミカグラ学園組曲』は、エルナが学園内の様々なクラブを巡り、それぞれの悩みを抱えるメンバーを助けながら、彼女たちもまた学園の頂点を目指して戦う姿を描く。