10年前、邪悪な科学者ドクター・ヘルが率いる地底帝国が人類滅亡を企てた。それに対し、伝説の超ロボット「マジンガーZ」を駆る若き英雄・兜甲児が立ち向かった。甲児の勝利によってドクター・ヘルの野望は阻止され、地球に平和が訪れた。 現在、甲児はパイロットの座を離れ、父や祖父の跡を継いで科学者としての道を歩んでいた。しかし、富士山深部での予期せぬ遭遇は、かつてない人類存亡の危機を引き起こし、甲児の運命を永遠に変えてしまう。人類の命運を握った甲児とマジンガーZは、善と悪の狭間で決断を迫られる。