噂によれば、幼い少女が白い妖精と契約を結べば、どんな願いでも叶えられるという。しかしその代償として、彼女は魔法少女となり、恐ろしい魔女たちを倒すために命を懸けて戦わなければならない。 その噂が真実であることを、身をもって知る少女がいた。宝崎市に住む優しい中学生、環いろは。魔法のクロスボウと傷を癒す力を武器に、彼女は人々を襲う前に魔女が潜む迷宮を探し出し、討伐していた。しかし、いろはには自分が何を願ったのかという記憶がなく、白い妖精キュゥべえさえも、彼女が何を望んだのか覚えていないようだった。 ある日、いろはは「魔法少女が救われる街」という噂を耳にし、夕焼けに染まる電車で神浜市を訪れる。だが神浜の魔女は通常よりはるかに強力だった。ベテラン魔法少女・七海やちよに救出されたいろはは、二度とこの街に来ないと誓う。しかし、小さなキュゥべえとの偶然の出会いが遠い記憶を呼び覚ました時、いろはは危険を顧みず、この神秘的な街の謎を探る決意を固める。