奇妙な少女・グリが相野実次の元を訪れたことで、彼の日常は一変する。「24時間以内に誰かとキスしなければ死んでしまう」と訴えるグリの必死の願いを、恋の告白と勘違いした実次は、突然押しかけてきた可愛い見知らぬ少女にキスをしてしまう。実はこのコスプレ天使は「キスノート」の使い手で、ノートに書かれた名前の組み合わせは必ずキスを交わしカップルになるという。グリは自身のヤオイ妄想に耽っているうちに誤って実次の名前を書いてしまったと説明するが、まだ誰ともペアにしていなかったため、彼らのキスは無意味だった。さらに悪いことに、グリは実次がすぐに誰かと結ばれなければ、自分が死ぬだけでなく、実次も永遠に童貞のままになると明かす。 運命から逃れようと、実次は美しく人気者の氷山あかねに目を付ける。しかし、グリとキスしたことを知ったあかねは、不幸な少年に対する執着的で病的な感情を露わにし、二人に猛烈に襲いかかる。その混乱の中、グリはキスノートであかねと実次をペアにすることに成功し、実次は一時的にさらなる危害から救われる。だが事態を複雑にしたのは、グリ自身が芽生えた想いから、自分も二人との三角関係をノートに記入してしまったことだ。状況がこれ以上ややこしくならないうちに、今度はグリとの新たな結びつきによって、実次とあかねは一時的な天使となり、地獄に落とされないためにも、この天使の人間結成の仕事を手伝わざるを得なくなってしまう。 すべての平常心を奪われた実次は、個性的な少女たちを傍らに、人間同士の結びつけの仕事に取り組むことになる。