近未来社会の日本では、低迷する出生率対策として「科学の赤い糸」と呼ばれる複雑なシステムが導入され、良縁を促進していた。適合性計算に基づき、16歳の若者は政府によって結婚相手を割り当てられ、その決定に逆らう者には厳しい罰則が待ち受けている。ごく平凡な少年と自認する根島由佳吏にとって、このシステムこそが充実した人生を送る最善の道かもしれなかった。 しかし、長年想いを寄せてきた同級生・高崎美咲への恋心に突き動かされ、由佳吏はシステムに逆らい、彼女に思いを告白する。最初は戸惑いを見せた美咲も、熱い瞬間に感情を応え、二人は結ばれる。不幸にも、その関係をさらに深める間もなく、由佳吏は政府からの結婚通知を受け取ってしまう。そして、彼に割り当てられたあまり乗り気でない結婚相手・真田莉々奈が、由佳吏の禁断の恋に興味を抱き始めたことで、彼は愛と嘘が入り乱れる複雑な網の目に投げ込まれることとなる。