第四次聖杯戦争で敗北を喫してから十年後、ウェイバー・ベルベットはロード・エルメロイⅡ世として、魔術師の教育機関・時計塔で教鞭を執っていた。しかし、この新たな君主の地位には一つの制約が伴っていた。それは、故・ケイネス・エルメロイの妹であるライネスが成人し、エルメロイ家を継ぐまで、彼女の指示に従わなければならないというものだった。 ウェイバーは謎めいた弟子グレイと共に、ライネスや魔術協会から依頼される様々な事件を解決していく。しかし、事件が複雑になるにつれ、時計塔には知られざる暗流が潜んでいるのではないかという疑念が浮かび上がる。そして、ライネスは果たしてどんな秘密を抱えているのか？