本編は、親密な関係にある5人で構成される小さな組織「リトルバスターズ」のメンバーである少年・直枝理樹とリーダー格の棗恭介が、最後の高校生活を楽しむために野球チーム「リトルバスターズ」を結成し、チームメンバーたちが様々な悩みに直面する物語です。本作は特典アニメーションとして、佳奈多、佐々美、沙耶という3人の女性キャラクターに焦点を当て、それぞれの物語を中心に展開します。