「霊籠:INCARNATION」下半季。 人類は最後の避難所「灯塔」で秩序ある生存を維持し、地面の世界で繰り広げられる死闘と探索を続けている。マークは隊長として、隊員たちを率いて危険な物資回収任務に挑む。しかし、彼は次第に「灯塔」の冷酷な生存法則に疑問を抱き始め、かつての恋人・紅蔻の死の真相を追い求める中で、より深い陰謀に気付いていく。一方、地面の世界では神秘的な白月魁とその仲間たちが、独自の方法でこの崩壊した世界と向き合っている。二つの勢力が交錯する時、人類の未来を決定する最終決戦が幕を開ける。