井原真人が野球ボールを学校の水道本管に打ち込み事故を引き起こしたため、男子寮の一部施設が機能停止に陥った。水道工事の間、男子生徒たちは女子寮に仮住まいを余儀なくされる。部屋割りを決めるため、くじ引きで入居資格を決定することになった。しかし収容人数に限りがあったため、一部の男子は寝床に困る状況に直面していた。 直枝理樹はくじを引いた結果、条件の良くない部活動室に入ることになった。彼の窮状を見かねたクドリャフカ・“クド”・ノーメは、内心の想いを振り絞り、自ら理樹を自分の部屋に招き入れる。『リトルバスターズ』の仲間たちが二人の関係をからかい続ける中、理樹は夏の間ずっとクドと同室で過ごすことになる。共に過ごす忘れがたい時間が積み重なるにつれ、二人はお互いの関係が既に友達を超えた感情かもしれないと次第に気付いていく。