主人公の少年・阿形勝平は、痛覚をほぼ失った無気力で物静かな高校生。親友の高城千鳥だけが、勝平が変わる前の記憶をわずかに覚えている。今では感覚が鈍り、無気力な勝平はいじめの標的となり、大金を脅し取られる日々を送っている。しかし、暴力を受けても瞬きする程度で、感情さえもほとんど感じられない。 ある日、勝平と千鳥を含む6人の少年少女は拉致され、「傷痕者（キズナイーバー）」として〈傷痕システム（キズナシステム）〉への参加を強要される。このシステムでは、参加者同士が痛覚を共有する。一人が傷つけば、他の全員が等しく痛みを感じるのだ。不完全なシステムの実験体として、世界平和という名目に利用されていく彼ら。文字通り運命を共有させられた傷痕者たちは、互いに本当の自分を曝け出さなければならない。さもなければ、失うのはシステムの成否だけではない――。