あるのんびりとした日、冬樹とケロロ小隊はインカ帝国の遺跡を見学に行った。彼らはそこで迷宮に入ったが、ケロロが不注意にも次々と罠を作動させてしまい、みんなは急いで前へ走って逃げるしかなかった。冬樹は逃げながら、迷宮の中に立ち尽くし、微動だにしない神秘的な少女を一瞥した。冬樹はその少女への疑問を抱えたまま東京に戻り、次第にそのことを忘れていった。 しかし、最強の敵がこの時、予告なく現れた。その敵の風貌はなんとケロロとほとんど変わらず、優秀な部下を従えて、世界各地への侵略を開始する準備を整えていた。青い星の運命はどうなるのか？ケロロ小隊は立ち上がり、再び地球を守り切ることができるのか？