謎のメル王子とその従者マルが海難事故で現れる。ある日、彼はお姫様を迎えようと決め、そのターゲットがなんと夏美に定め、さらには彼女をさらってしまう。ケロロたちは「夏美救出大作戦」を展開する。一方、夏美はメル王子から手厚いもてなしを受け、彼女の記憶によって投影された夏美城に住まわされる。自分の存在が大切にされていることに、彼女はむしろ楽しんでいる様子。しかし同時に、メルは彼らの故郷のように地球をすべて水の星に変えようとしている。ケロロたちは無事に夏美を救い出し、地球を守ることができるのか？