「ガンマ（Gamma）星雲第58番惑星・宇宙侵略軍特殊先鋒部隊隊長」ケロロ軍曹は、青い星（ケロン星人が地球を呼ぶ名称）征服の準備のため、日向家に潜入する。しかし、あっさりと冬樹と夏美に捕らえられ、侵略用兵器ケロボールも冬樹の手に渡ってしまう。その後、侵略本部は発覚の危険性を理由に地球から緊急撤退し、青い星に先鋒部隊を残した。こうして、ケロロ軍曹は日向家に所属する生活を始める。やがて、軍曹の部下たち——「二重人格」タママ二等兵、「燃える戦士」ギロロ伍長、「電波系」クルル曹長、「暗殺兵」ドロロ兵長、そして「恐怖大王」アンゴル・モアも次々に登場する。 　　その後、約6年にわたる侵略活動が展開され、数々の巧妙な侵略計画が立てられるが、途中で侵略への情熱ややる気を失う時期もあった。しかし、ケロロ軍曹にとって、地球での生活はやはり多彩で充実していた。少なくとも、強敵ガルル小隊と幾度も対決し、突然訪れた26週間の侵略期限に奮闘し、幼き日の趣味を繰り返し楽しみ、謎の仇敵シュララ軍団と対峙し、戦国惑星の武者大戦を経験する……これらすべてが、彼の日々の生活の原動力となっていた……