時は元治元年、一八六三年。審神者より、時間遡行軍による歴史改変の兆しが報告された時代、江戸の街へと派遣されたのは、新撰組副長・土方歳三愛刀の化身、堀川国広とその主、和泉守兼定。彼らは、歴史を守護する「刀剣男士」として、狙われた時代を巡り、仲間の刀剣男士たちと共に時間遡行軍との戦いを繰り広げる。 しかし、彼らが最も思い入れのある、この幕末という時代は、血と裏切りが渦巻く過酷なものだった。大切なものを守るため、二人は幾度となく苦渋の決断を迫られることになる。