古来より、人知れず世界を救い続けてきた、御刀を携えた巫女＝「刀使」。彼女たちは、人に災いをもたらす異形「荒魂」を、剣技と御刀で祓う特別な力を持っていた。現代、刀使たちは警察の特別祭祀機動隊に所属し、日々荒魂の脅威と戦っている。また、全国五校の刀使育成機関では、将来の戦いに備えて少女たちが剣技を磨いている。 五校の一つ、美濃関学院に通う衛藤可奈美は、学院を代表して開催される刀使たちの公式戦「舞草」に出場することに。そこで可奈美が出会ったのは、謎めいた少女・十条姫和だった。トーナメントを勝ち上がり、ついに決勝で対戦することになった二人だったが、その戦いは予想外の結末を迎える。刀使たちの世界に突如として訪れた混乱。それは、内部からの裏切りを意味していたのか。戦いの場から逃れる可奈美と姫和は、かつての仲間たちとの戦いを余儀なくされていく。