加藤鳴海は、奇妙なZONAPHA症候群に悩む中年男性だ。これは稀な不可解な病気で、患者は突然重度の発作に襲われ、唯一の治療法は誰かが笑うのを見ることである。ある日、鳴海がアルバイトをしていると、巨大なスーツケースを持った少年が三人の大人から逃げながら彼にぶつかる。少年は自分を才賀勝と名乗り、父の死後、有名な才賀グループの新オーナーになったと説明する。しかし、一族の他の者たちが財産を奪おうと彼を暗殺しようとしている。 少年を救おうと決意した鳴海は、勝の逃亡を手助けし、追っ手と戦うことになる。しかし、彼らは自我を持つ超人強度の人形（からくり）であることを知る。鳴海が敗れかけた時、突然白髪の少女が乱入し、素早く少年のスーツケースから別の人形を召喚する。彼女は自分を勝の守護者・白銀と名乗った。 『からくりサーカス』は、異なる背景を持つ三人の運命が絡み合い、また離れていく中で、人間と人形の長きにわたる古代の戦い、そして愛と裏切りにまつわる古の物語の謎を解き明かしていく物語である。