ごく稀に、人間の魂と怪獣の魂、二つの異なる魂を宿して生まれてくる少女がいる。このような特別な存在は「怪獣娘」と呼ばれ、普通の人間の姿でありながら、巨大怪獣の超常的な能力を有している。国際怪獣救護育成機関、通称「GIRLS」は、そんな怪獣娘たちがその力と折り合いをつけ、社会の中での居場所を見つけられるよう支援するために設立された。 最近、三人の少女が自らの怪獣の半身に目覚めた。内向的な宮下アキはアギラの魂を、真面目な白銀レイカはウィンダムを、元気な牛丸ミクはミクラスを受け継いだ。三人は共に機関「GIRLS」に入り、それぞれが己の力の使い方と、怪獣としての本能の制御を学んでいく。周囲の支えを通して、アギラ、ウィンダム、ミクラスはそれぞれ、怪獣娘であることの真の意味を見出していく。