軌道上のスペースコロニーが壊滅し、地球に墜ちた大災害〈スカイフォール〉。 落下によりクレーターとなった場所に、遺伝子変異により怪獣たちが棲息し始めた。 何も知らずその場所にアバターとしてやってきたレイ。 目的は散乱した<シード>を収集するためであるが、そこで謎の少女ミルと出会う。