猿楽本部での襲撃を生き延びた後、番場宗介は影鰐の怪物ハイブリッドの調査を再開する。影鰐の力を制御する能力を手に入れた研究者は、今やそれらの生物を消滅させる手段を得た。しかし、この能力には大きな欠点があった。その力は彼の体を蝕み、宗介は正気を保つことに苦闘するのである。 やがて、古くて新たな脅威が頭をもたげ始める。猿楽の上層部が再び動き出し、個人的な遺恨を抱く刺客が宗介を標的に定める。それでも彼は、影鰐の起源を突き止め、その脅威を一掃するため、決然と使命を進み続ける。