空条承太郎とその仲間たちは、ついに宿敵ディオが待ち受けるエジプトへと辿り着いた。一行は到着早々、新たな仲間を加える。スタンド「ザ・フール」を使う野良犬、イギーだ。しかし、良いことばかりではない。彼らの行く手を阻むのは、ディオに仕える新たなスタンド使いの一団。そのスタンドは、古代エジプトの神々を象っている。最終決戦が迫る中、承太郎の母を呪いから解放し、ジョースター家を脅かすディオの恐怖の支配に終止符を打つため、彼らは時間との戦いを繰り広げる。