宇宙世紀0079、ジオン公国軍シャア・アズナブル部隊は、連邦軍が開発中のモビルスーツ・ガンダムを狙いスペースコロニーサイド7に侵入。サイド7で暮らすアムロ・レイは、ガンダムのパイロットとして戦争に巻き込まれる。