人類が「サベージ」と呼ばれる地球外生命体に襲われた時、敵と戦える唯一の技術は「ハンドレッド」という兵器であった。サベージ襲撃の生存者である如月ハヤトは、この技術との最高の適合率を誇る少年として、戦艦上の名門軍事学校・リトルガーデンに招かれ、その技を磨くことになる。 やがて訪れる戦いに向けた過酷な訓練の中で、彼はすぐに複数の女性生徒の関心を引き、地球に棲みつき脅威を振るう生物との戦いを繰り広げるうち、いくつもの事件に巻き込まれていく。