反乱を起こした武蔵は撃破され、横須賀女子海洋高校の少女たちは無事帰還した。しかし、最終決戦で武蔵と対峙した晴風艦は甚大な損傷を受け、もう二度と航海できないかもしれない。さらに、艦を失った晴風型は解隊されるという噂が広まっている。 他クラスが晴風の乗組員をスカウトしようとする動きは、状況をさらに不透明にする。この深刻な問題の答えは、晴風の秘書・能登こころが乗組員に伝えるべき「封印された指令」の中にあるかもしれない。だが、時間は刻一刻と迫っている…