地殻変動により国土の大半が水没してから百年。日本は海洋国家として繁栄を遂げていた。沿岸部には機能的な都市が並び、整備された航路は専門の船舶によって守られている。海運業は隆盛を極め、若き少女たちは海を守る職業「ブルーマーメイド」を志す。 幼馴染の岬明乃と知名もえかは、横須賀女子海洋学校で再会を果たす。ここには同じくブルーマーメイドを夢見る仲間たちが集っていた。やがて訓練が始まり、明乃ともえかはそれぞれの艦と乗組員を任される。駆逐艦「晴風」の艦長としての役割に順応し、乗組員との絆を深めていく明乃。しかし、突然の機関・航行システム故障により、艦は立ち往生、乗組員は危機に陥る。 『ハイスクール・フリート』は、晴風の勇敢な乗組員たちが、険しい海と数々の困難を乗り越え、真のブルーマーメイドを目指す姿を描く。