バベルの啓示を受けた者たちは、数多の戦いと試練を乗り越えねばならない。特別なパートナーの手を握ることで、彼ら「ハンドシェイカー」は時間の存在しない異次元「ジグラット」の領域へと身を移す。各ハンドシェイカーのペアは、たった一つの願いを叶えるという神との謁見の権利を賭けて、戦いを繰り広げる。 物好きなものづくりが得意な高校生・高槻手綱も、そんなハンドシェイカーの一人である。近隣の大学の槇原教授からの修理依頼を受けた手綱は、そこで寝たきりの少女・芥川小代理と出会う。彼女は、亡き妹・結ぶを思い起こさせる存在だった。妹の最期の願い「手を離さないで」を思い出した手綱は、小代理の手を握り、ハンドシェイカーとしての力を覚醒させる。しかし、小代理の生命はハンドシェイカーとしての状態と直結しており、手綱が彼女の手を離せば、彼女は死んでしまう。彼女を救う唯一の希望は神との謁見。手綱と小代理は、互いの特異な力を合わせ、敵対するハンドシェイカーたちを倒し、願いを成就させる道を見出さねばならない。