本作は、前作のストーリー終了から10年後の世界観を舞台にしている。主人公・遊城十代はデュエルアカデミーの入学試験に向かう途中、伝説のデュエリスト武藤遊戯と劇的な出会いを果たし、1枚のカードを受け取る。しかし、十代はそのために遅刻し、試験を逃してしまう。そこで十代はクロノス教授に試験の合格を懇願し、その後挑戦者の道を歩み始める……。