円堂守の時代を経て、雷門中学はサッカーの強豪校となり、多くの名選手を輩出した。しかし、世界大会から十年後、日本のサッカーは「第五部門」と呼ばれる組織に支配され、自由にサッカーができなくなっていた。そんな逆境の中、幼い頃から円堂に憧れ、雷門イレブンを目指す少年・松風天馬は、先輩たちの足跡を追って雷門中学に入学する。第五部門の迫害に立ち向かいながら、円堂守や神童、霧野、西園らと共に、雷門サッカー部を率いて第五部門の支配を打ち破ろうとする。