舞台は日本。時は2030年、地球は「ジビア」というウイルス性疾患に完全に制圧されていた。このウイルスに感染すると、年齢・性別・人種に基づき、様々な怪物へと変異してしまう。 江戸時代初期から時を超え、荒廃した日本にたどり着いた侍と忍者。彼らは、ウイルスの治療法を研究する教授を助けるため、共に行動を開始する。 人類を救う旅路で、無数のジビア怪物、無法者、そして他の強敵たちと戦いながら、彼らは前へ進んでいく。