西暦2027年、非核世界大戦第四次が終結してから一年が経ったニューポートシティで爆弾テロが発生。謎の組織「501機関」との関わりが疑われる大物武器商人が死亡した。公安長官の荒巻大輔は、全身サイバー義体の使い手であり天才ハッカーである草薙素子を調査に雇い入れる。