「笑い男」事件の解決後、公安9課は新たに選出された茅葺ようこ首相によって再編され、継続するサイバーテロの脅威に対処する任に就く。 「個別の11人」を名乗るグループが日本国内でテロ行為を開始していた。草薙素子、荒巻大輔、バトーら公安9課の面々がこの新たな脅威を調査する一方、日本政府は別の危機に直面していた。第三次世界大戦により故郷を追われた外国難民が日本に亡命を求めて流入していたのである。しかし、特殊部隊のメンバーが追跡の中で内閣情報庁の実力者、合田一人と繰り返し遭遇するにつれ、彼が事件に関与している可能性、そして難民危機と「個別の11人」の事件が、彼らが考えている以上に深く結びついている可能性を疑い始める…