西暦2029年、第三次・第四次世界大戦後の世界。日本を中心としたアジアブロックが国際社会を支配する中、その同盟はサイバネティック強化を施された精鋭治安部隊を通じて国際的な優位性を維持していた。強化された工作員たちは、今や遍在するネットワークを介して「ゴーストハック」（すなわち意識をダウンロードする能力）を行い、他の機械や人間と機械の融合体へと侵入することが可能だった。 サイバネティック強化を施された女性工作員、草薙素子少佐は、精鋭治安部隊の分隊を率いて「人形使い」として知られる仮想存在を追っていた。治安機関のライバル組織によって生み出されたこの変幻自在の反逆的創造物は、自らを「情報の海で生まれた」独自の生命体と結論づけ、創造主に反旗を翻し、政治亡命と真の物理的実体を要求していた。