21世紀も20年近くが過ぎ、人々は妖怪の存在を忘れていた。人間界で大人たちを混乱と混沌に陥れる不可解な現象が相次ぐ中、十三歳のマナは答えを求めて妖怪郵便に手紙を出す。彼女を待っていたのは、ゲゲゲの鬼太郎だった…。