舞台は2006年、第三シーズンは『トランスフォーマー ザ・ムービー』としても知られ、ユニクロンの壊滅的攻撃とオプティマスプライムの死を受けて物語が展開する。新たな時代が始まり、若く衝動的なホットロッドがマトリクスを継承し、ロディマスプライムとして変身。復活しより強大な力を持ったガルバトロンに立ち向かうため、オートボットを率いることになる。本シーズンでは、クインテッサ星人の干渉やユニクロンの脅威など銀河規模の危機に直面する中、戦争の暗い側面、犠牲、そして遺産の重みが描かれる。物語はより連続性を増し、新たなる故郷を求める旅と、指導者としての重責に焦点が当てられる。