『フューチャーカード バディファイト』終結から23年後の世界を舞台に、高邁人の息子・御門ユガが初めてバディファイトと出会う。ゲームを始めた彼は、短期間で本能を覚醒させ、驚異的なバディファイターへと成長していく。その活躍は新たなライバルや仲間との出会いをもたらすが、名声と歓びには代償が伴う。 これが、次世代のバディファイトだ！