西暦2059年、初代マクロスで描かれたスペース・ウォーIの戦いから半世紀。第25次新マクロス級超長距離移民船団「マクロス・フロンティア」は、新たな楽園を求めて銀河を航行していた。しかし、彼らはヴァジュラと呼ばれる異形の敵との戦争状態にあった。 『マクロスFB7』は、マクロス・シリーズ30周年を記念した作品である。