第五次聖杯戦争の最中、キャスターはその計画を実行に移し、士郎のサーヴァント・セイバーの捕獲から始める。魔女がますます強大になるにつれ、凛とアーチャーは彼女が直ちに対処すべき脅威であると判断する。しかし、戦争の勢力図が変わり始める中で、マスターとサーヴァントはそれぞれ別の道を歩むことになる。 一方、サーヴァントを失い、負傷でよろめきながらも、士郎は凛の戦線離脱の警告を無視し、キャスターとの戦いに無理やり身を投じる。戦う意志における自身の決意を示すため、人々を守る者となる彼の潜在能力が試される。 流血と混沌の中で、各マスターとサーヴァントの動機が少しずつ明らかになる。彼らは勝利者として聖杯を手にするため、全てを犠牲にしていく。