聖杯戦争は、魔術師である七人のマスターたちによるバトルロイヤルである。マスターたちは、戦争に参加した際に与えられる令呪を用い、サーヴァントと呼ばれる英霊を戦闘において使役する。第五次聖杯戦争において、遠坂凛は戦いに身を投じる魔術師の一人である。彼女はサーヴァントであるアーチャーと共に、あらゆる願いを叶えるとされる魔術の結晶・聖杯を手に入れようとしていた。 凛のクラスメイトである衛宮士郎は、偶然にも戦争に巻き込まれ、自らのサーヴァントであるセイバーを指揮することになる。共通の敵に直面することとなった二人は、聖杯戦争において敵対者たちに挑むため、一時的な同盟を結ぶことを決意する。